Come ricorda l’epigrafe che si legge sulla trabeazione, questo altare venne edificato nel 1674 a spese del Capitolo (di cui si ammira lo stemma di rosso, ad un altare sormontato da un calice fiancheggiato da un candeliere per parte, il tutto d’oro appeso all’arco della cappella) e dei sacerdoti di Lecce in onore del santo vescovo e martire leccese, nipote e successore di S. Oronzo, cui venne attribuita la protezione dalla peste del 1656 che seminò molte vittime nel Regno di Napoli.

L’altare, opera di Giuseppe Zimbalo, è inquadrato da due colonne a spirale per lato, a senso invertito in ciascuna coppia, decorate con motivi floreali da cui emergono volti umani e testine d’angelo. Esse poggiano su basi con due leoni divergenti poste a loro volta su stravaganti faccioni barbuti e zampe leonine. Sul dossale, la tela con il Martirio di S. Fortunato opera del noto pittore leccese Oronzo Tiso molto vicina a quella del Martirio di S. Pelino dipinta per l’omonimo altare nella Cattedrale di Brindisi, inserita in una cornice su cui corre orizzontalmente un fregio raffigurante angeli che reggono un drappo e una cornice aggettante su cui si trovava un mezzo busto di legno dorato di S. Brunone, oggi scomparso.

S. Fortunato fu martirizzato il 27 aprile del 77, come ci racconta la passio dei santi Giusto, Oronzo e Fortunato pubblicata poco dopo il 1570 da Iacopo Antonio Ferrari, il quale asserisce di aver attinto parte delle notizie da un’antica pergamena, oggi scomparsa. S. Fortunato fu celebrato insieme a S. Giusto e a S. Oronzo solo a partire dal 1658, dopo che la festa soppressa nel 1640, fu ripristinata con decreto della Congregazione dei Riti, per interessamento del vescovo Pappacoda.

Sui capitelli delle colonne, le piccole basi di appoggio per la cornice aggettante presentano simboli vari (croci sulle basi esterne, mitria e palme del martirio su quelle interne).

Il fastigio è caratterizzato da due volute interrotte che comprendono due fioriere, due angeli con la tuba e lo scudetto con l’epigrafe. Il tutto è coronato da altre due volute interrotte più piccole, una testa d’angelo e la croce.

Alle pareti laterali della cappella, due nicchie dorate tempestate di stelle accolgono le statue in pietra dorata di S. Veneranda (a sinistra) e di un’altra santa di cui si ignora il nome (a destra), identificabile con S. Irene. Al di sopra delle nicchie due angeli con vangelo e mitria.