Strutture analoghe alla navata centrale si trovano nei bracci laterali della croce per la presenza di uguali paraste (questa volta, però, tutte dorate) e cornici di rifinitura. 

Anche qui le finestre sono decorate da artistiche vetrate con S. Pietro, L’incoronazione di Maria e Due angeli che reggono le iniziali del nome del vescovo committente. 

Il soffitto ligneo a lacunari è impreziosito da un’Ultima Cena attribuita a Giuseppe da Brindisi o meglio a Carlo Rosa o alla sua bottega. 

Il dipinto, restaurato nel 2006 in occasione del Congresso Eucaristico Diocesano, si segnala per una impostazione ed una matrice manieristica.

Nel braccio sinistro si trovano gli altari dell’Immacolata e di S. Filippo Neri.